A két betegség elkülönítése és a pontos diagnózis klinikai, endoszkópos és szövettani jellegzetességeik alapján lehetséges. Colitis ulcerosában a gyulladásos jelenségek csak a bél nyálkahártyájára és a submucosára korlátozódnak, míg Crohn-betegség esetén a bélfal minden rétege érintett a mucosától a serosáig. A colitis ulcerosa csak a vastagbélben fordul elő, így ha szükségessé válik a vastagbél eltávolítása, végleges gyógyulás következik be. Ezzel szemben a Crohn betegség az emésztőrendszer egészét érintheti, ezért a gyulladt szakasz eltávolítása után, a betegség bárhol visszatérhet. Míg a colitis összefüggő gyulladást hoz létre, a Crohn betegségben gyulladt és ép bélszakaszok váltakoznak egymással. Mindezen különbségek ellenére bizonyos betegeknél (kb. az esetek 10 százalékában) nem lehetséges megkülönböztetni a két betegséget; őket a nem meghatározható colitis-csoportba sorolják.